O curso de Agronomia, foi criado pelo Decreto no 8.319/10-PR/MA e reconhecido pelo Decreto no 23.857/34-PR, e deliberação no 33/86-CEPE/UFRRJ. Ele tem duração de 5 anos e confere o título de Engenheiro Agrônomo.

Dentre suas atribuições esta a de planejar e executar:
-  Serviços de engenharia rural,
- Projetos fitotécnicos e zootécnicos na área de melhoramento animal e vegetal e defesa sanitária,
- Desenvolver sistemas sustentáveis de produção agrícola,
- Supervisionar estudos de economia e crédito rural,
- Beneficiar e conservar produtos animais e vegetais,
- Levantamentos sócio-ambientais,
- Fiscalizar a industria de agrotóxicos e adubos,
- Monitorar impactos ambientais entre outros.

 Missão
O Engenheiro Agrônomo formado pela Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro deverá ter uma formação eclética e crítica, compreendida por uma formação com abordagem sistêmica, humanista, holística, sólida, ampla e flexível, com compromissos éticos e sociais para com a cidadania, a fim de atender as diferentes demandas da sociedade e do mercado, além das opções individuais.

Ingresso no curso
Atualmente ingressam 75 estudantes por semestre, estando efetivamente matriculados 650 alunos. O curso oferece ainda seleção por transferência externa, transferência interna e reingresso praticamente todo semestre, geralmente três vagas para cada forma de seleção, a critério do Coordenador.